Pour assurer son fonctionnement, l’organisme dispose de nombreuses ressources. Cet environnement chaleureux et prospère peu en revanche devenir un eldorado pour des agents pathogènes, eux aussi friands de cet espace prospère pour se développer. On appelle «agents pathogène», tous les organismes infectieux qui sont introduits dans l’organisme à partir d’une source extérieure : bactéries, virus, champignons, parasites, les prions… Le système immunitaire, possède la capacité à faire la distinction entre les cellules qui lui appartienne et les autres.
Pour se protéger contre d’éventuelles agressions des différents agents pathogènes, le corps humain dispose de nombreuses défenses. Sa stratégie de défense se déroule en trois étapes :
- Etape 1 : Limiter l’invasion de l’agent pathogène dans l’organisme
- Etape 2 : Identifier, localiser , cibler et détruire l’agent pathogène en question
- Etape 3 : Se souvenir de sa rencontre pour mieux réagir (plus vite, plus fort…) en cas de nouvelle rencontre.
Si les étapes 2 et 3 illustrent les missions et le fonctionnement du système immunitaire, il ne faut pas également oublier que l’organisme met également en place des mécanismes de défenses non immunologique de l’hôte, limitant ainsi les possibles agressions par les agents pathogènes :